A membránrendszer a folyamatos működésen alapul, mint tervezési alap, de a tényleges működés során mindig lesz egy bizonyos frekvenciájú indítás és leállítás.
A membránrendszer leállításakor a permeátvizet vagy az előkezelt vizet kell használni az alacsony nyomású öblítéshez, hogy a koncentrált vizet nagy koncentrációjú, de a membránelemből származó skálagátlóval helyettesítsék. Intézkedéseket kell hozni annak megakadályozására is, hogy a víz kiszivárogjon a rendszerből és levegőt juttasson be, mivel az áthatolódási fluxus visszafordíthatatlanul csökkenhet, ha az elem vizet veszít és kiszárad.
Ha az állásidő kevesebb, mint 24 óra, nincs szükség a mikrobiális növekedés megakadályozására irányuló intézkedésekre. Ha azonban az állásidő meghaladja a fent említett rendelkezéseket, védőfolyadékot kell használni a rendszer megőrzéséhez, vagy a membránrendszert rendszeresen ki kell öblíteni.
